Interogatoriul căpitanilor răscoalei a început pe 26 ianuarie 1785 cu Cloșca și două zile mai târziu cu Horea. Cloșca a trebuit să răspundă la 134 de întrebări în zilele în care a fost audiat (26 și 27 ianuarie, 3, 4, 21, 22 și 24 februarie). Lui Horea i-au fost adresate 118 întrebări în 6 zile de interogatoriu (28 ianuarie, 1, 4, 21, 22 și 24 februarie).
În fața comisiei de anchetă condusă de contele Jankovics cei doi căpitani neagă cu consecvență, mai ales Horea care dă dovadă de o remarcabilă tărie de carcacter, rolul lor în răscoală. Răspunsurile lor pot fi rezumate în: n-am făcut, n-am fost, n-am auzit, n-am văzut. Cei doi neagă în continuare chiar și atunci când sunt confruntați cu martori care susțin că ei au fost căpitanii, că ei au dat ordine răsculaților ș.a.m.d.
Comisia află prea puțin despre începutul și desfășurarea răscoalei, practic esența interogatoriilor.
Oricum soarta celor trei corifei fusese pecetluită de ordinul împăratului, iar procesul intentat de autorități nu putea să schimbe destinul ce le fusese hărăzit de capul încoronat de la Viena.