Călugăr și apoi egumen al Mănăstirii Prislop, Ioan este ales Mitropolit al Transilvaniei. El va fi hirotonit la Târgoviște de mitropolitul UngroVlahiei și instalat în scaunul mitropolitan de la Alba Iulia. Aici îl găsește Mihai Viteazul în vizita sa la Alba Iulia. La insistențele lui Ioan de la Prislop, în 1596, de sărbătoarea Crăciunului, Mihai obține de la Sigismund Bathory și de la Dimitrie Napragy dreptul de a înălța o biserică de zid pentru mitropolia românilor ortodocși. Biserica va fi gata în 1597 când Mihai însoțit de doamna Stanca, de Nicolae Pătrașcu și Florica participă la slujba de Crăciun.

Ioan de la Prislop este cel care îl va încorona ca domn al Ardealului pe Mihai Viteazul, în biserica ctitorită de marele voievod. Nicolae Iorga numea biserica lui Mihai Viteazul de la Alba Iulia “cea mai trainică și mai de folos ctitorie a noastră de peste munți”.